La maggior parte delle opere conservate nel Museo Diocesano provengono da Calascibetta, sede della Regia Cappella Palatina. Sono datate tra il XV e il XVI secolo; tra le opere xibetane emergono le due sculture lignee raffiguranti S. Pietro in trono e un Crocifisso policromo, due tele raffiguranti S. Pietro e S. Paolo in carcere e molti e preziosi calici d’argento custoditi all’interno di una grande vetrina. Quest’ultima custodisce anche paramenti, conopei e pissidi databili tra il XVI e il XVII secolo. Di particolare pregio è una placchetta attribuita alla Bottega di Limoges e risalente al XVI secolo: si tratta di una placca di rame smaltato raffigurante un’immagine iconograficamente riconducibile a Dürer. Parte di un arredo liturgico andato distrutto, la placchetta fu utilizzata come osculum pacis.  

Vi è esposta ancora una scultura in terracotta raffigurante S. Giovanni Battista, proveniente dall’omonima chiesa di Caltanissetta, realizzata nel Cinquecento e attribuita alla bottega di Antonello Gagini.

Anche questa sala custodisce opere del XVI e del XVII secolo, come la croce astile e i due reliquiari di S. Pietro e S. Paolo realizzati dal più importante argentiere del Cinquecento siciliano: Nibilio Gagini. La croce in particolare è stata scelta da papa San Giovanni Paolo II per il suo viaggio a Manila in occasione della Giornata Mondiale della Gioventù nel 1995. Si possono ammirare poi quattro splendide sculture in marmo alabastrino – un’acquasantiera, una Adorazione dei pastori attribuita alla scuola di Vincenzo Gagini, una Madonna di Trapani e un’Immacolata – e due sculture lignee policrome raffiguranti l’Immacolata e S. Isidoro. 

Alle pareti sono appesi diversi dipinti, tra i quali due sportelli d’armadio provenienti da Calascibetta, il Pentimento di S. Pietro di ignoto siciliano, proveniente da Bompensiere e un S. Andrea anch’esso di ignoto. 

La galleria espone numerosi dipinti databili prevalentemente tra il XVII e il XVIII secolo. Tra questi spiccano Gesù che raccoglie le vesti dopo la flagellazione, inquietante opera realizzata nel Seicento da un ignoto pittore siciliano su un modello tipico dell’area spagnola, quattro dipinti rappresentanti altrettante scene della Via Crucis provenienti dal Convento dei Cappuccini di Caltanissetta, due dipinti di Antonino Fasulo (Salita al Calvario e Flagellazione) la Madonna col Bambino sul modello della Salus Populi Romani, la pala dei Santi Crispino e Crispiniano attribuita a Vincenzo Roggeri, un dipinto raffigurante Isacco che benedice Giacobbe di scuola genovese, dono di privati, e la Madonna dei sette dolori di gusto spagnolo. 

La vetrina a parete accoglie alcuni reliquiari lignei a braccio del XVI e XVII secolo, un reliquiario ligneo a busto di S. Orsola e un tronetto per l’esposizione eucaristica.  

Nel 1907 il Vescovo Antonio Augusto Intreccialagli si dedicò alla decorazione della Cappella Maggiore del Seminario per renderla splendida, dando la commissione all'artista romano Ettore Ballerini. La cappella venne consacrata a S. Giuseppe, rappresentato nel presbiterio e nella volta, decorata anche da un medaglione contenente un’immagine di S. Tommaso d'Aquino. In un piccolo soppalco è situato un organo a canne del 1912 realizzato dal nisseno Damiano Polizzi. Nella fascia sottostante l'organo sono raffigurate le tre sante vergini dell'isola: Rosalia, Lucia e Agata. Illuminano lo spazio sacro alcune vetrate colorate raffiguranti diversi santi.

Sulla porta d'accesso alla sacrestia vi è dipinta la Madonna del Carmelo, omaggio al vescovo Intreccialagli per la sua appartenenza all’ordine carmelitano. Negli anni '70 la cappella è stata restaurata, è stato rifatto il pavimento, sono stati rinnovati il presbiterio e gli arredi sacri: altare, leggio, Crocifisso e tabernacolo sono opera dello scultore romano Ennio Tesei.

Vi sono custodite ed esposte opere del XVI e del XVII secolo, tranne un prezioso cofanetto reliquiario in avorio realizzato nel XV secolo dalla Bottega degli Embriachi e proveniente da Calascibetta. Oltre alle due sculture lignee raffiguranti S. Apollonia e S. Margherita di Antiochia, decorate a estofado de oro, a un ostensorio d’argento di forme gotiche e una cassapanca lignea, la sala espone alcuni dipinti provenienti dalle chiese nissene. Tra questi lo Spasimo di Sicilia ha un’attribuzione molto controversa: c’è chi dice che sia di Raffaello, o del suo allievo Polidoro da Caravaggio, o ancora di un anonimo pittore siciliano. Nel 1517 Raffaello realizzò per il monastero di S. Maria dello Spasimo a Palermo un dipinto raffigurante la “Salita al Calvario”. Donata al re di Spagna, la tradizione vuole che l’opera, oggi esposta al Prado di Madrid, sia solo una copia e che i frati abbiano messo in sicurezza l’originale nel Convento delle Benedettine a Caltanissetta. Nella sala si può ammirare un prezioso corredo liturgico proveniente dalla chiesa madre di Serrafifalco e decorato con grani di corallo da maestranze siciliane del XVIII secolo.

In questa sala una vetrina accoglie argenti e paramenti sacri databili tra il XVII e il XVIII secolo: tra questi è particolarmente rilevante una stauroteca in argento e cristallo di rocca. Nella vetrina si trovano anche un secchiello liturgico e tre ostensori, databili alla seconda metà del XVII secolo. Completano la collezione di argenti del XVII secolo una croce astile e un reliquario in filigrana. 

Particolarmente interessante nella sala risultano il Tabernacolo in legno dorato del XIX secolo di Giovanni Careri, proveniente da Sutera, e una statua raffigurante San Francesco di Paola.  

La sala è dedicata al pittore nisseno Vincenzo Roggeri, anche se non tutte le opere sono attribuite con certezza a questo autore. Si possono ammirare: una Madonna col bambino e S. Luigi Gonzaga, una Adorazione dei pastori e una Adorazione dei Magi. Altre opere sono dedicate ai santi: S. Francesco in estasi sostenuto da angeli, S. Apollonia e la Visione di S. Teresa della processione eucaristica di S. Ignazio. Seguono poi Tobia e l'arcangelo Raffaele e altre due opere attribuite alla scuola del Roggeri: l’Annunciazione e la Circoncisione. Un dipinto non riconducibile a Roggeri è una grande pala raffigurante l’Invenzione della Croce e proveniente dalla chiesa nissena di Santa Croce. Nella sala vi sono anche il fercolo ligneo della Madonna del Monserrato, proveniente da Calascibetta, e due sculture lignee raffiguranti San Filippo Neri e Santo Stefano.. In una grande vetrina è esposto un ricco corredo liturgico proveniente dalla chiesa di San Domenico a Caltanissetta, un'altra vetrina più piccola invece conserva preziosi oggetti con decorazioni in corallo.

Nella sala si trovano tre vetrine che ospitano argenti e paramenti sacri del XVIII secolo, importanti testimonianze della fitta trama di relazioni tra conventi dove le badesse, quasi sempre di famiglia aristocratica, assicuravano la possibilità di lavorare stoffe pregiate, trasformando gli abiti dismessi della nobiltà in ornamenti a lode di Dio. Alle pareti sono esposti dipinti del XVIII secolo realizzati dai padri cappuccini, molto attivi in quel periodo a Caltanissetta.

Tra le tele alcune sono di autore ignoto, mentre la maggior parte rimandano a padre Fedele da S. Biagio Platani: - S. Francesco rinunzia al sacerdozio, il ritratto del Cardinale Casini, S. Agostino, S. Gregorio Magno, S. Girolamo - e a Fra Felice da Sambuca - il Martirio di santa Flavia, una grande pala della Madonna col Bambino e santi Cappuccini e la Madonna col Bambino e il Beato Bernardo da Corleone - provenienti dal vicino convento e dalla chiesa della Madonna Assunta..